"Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkındaki" 5746 sayılı yasanın 3'üncü maddesi uyarınca "Kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin, bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerin doktoralı olanlar için yüzde 90'ı, diğerleri için yüzde 80'i Gelir Vergisi'nden müstesnadır."

Diğer yandan aynı yasal düzenleme çerçevesinde "ücreti Gelir Vergisi'nden istisna olan personele bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden hesaplanan sigorta primi işveren hisselerinin yarısı, her bir çalışan için beş yıl süreyle Maliye Bakanlığı bütçesinde konulacak ödenekten karşılanacaktır."

5746 sayılı yasa gereği olarak Ar-Ge Merkezi belgesi alabilmek için Ar-Ge merkezlerinde en az 50 (elli) tam zaman eşdeğer Ar-Ge personeli istihdam edilmesi zorunluluktur. Bu nedenle Gelir Vergisi stopajı teşvikinden yararlanmak için Ar-Ge merkelerinden en az 50 tam zaman eşdeğer Ar-Ge personeli istihdam edilmesi gerekmektedir. Buna karşılık Ar-Ge merkezleri dışında, teknoloji merkezi işletmelerinde Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde Gelir Vergisi stopajı teşvikinden yararlanmak için personel sınırlaması bulunmamaktadır.

Gelir Vergisi stopajı teşvikinin hesaplanmasında kapsama giren personelin fiilin Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ayırdıkları zamanın, toplam çalışma zamanına oranı esas alınacaktır. Yasa kapsamında faaliyette bulunan personelin, ay içindeki çalışmalarının tamamının Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olması halinde hak kazanılmış hafta tatili ve yıllık ücretli için süreleri de 50 (elli) tam zaman eşdeğerin hesabında bu kapsamda değerlendirilerek Gelir Vergisi stopajı teşviki uygulamasında dikkate alınacaktır. Ancak, bir günde 8, haftada 45 saatin üzerindeki çalışma süreleri ile ek çalışma süreleri 50 (elli) tam zaman eşdeğerin hesabında dikkate alınmayacaktır.

Kısmi çalışma halinde ise personelin Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ayırdığı zamanın toplam çalışma zamanına oranı dikkate alınmak suretiyle bulunan ücret tutarları Ar-Ge ve yenilik harcaması olarak kabul edilecektir. Kısmi çalışan personelin hafta tatili ve yıllık ücretli izin süreleri dikkate alınmayacaktır.

Teşvik uygulamasında istisna, Ar-Ge ve destek personelinin Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında fazla mesai dahil çalıştığı süreye ilişkin ücret ile bu ücret üzerinden yapılan stopaj tutarı muhtasar beyannameye yansıtılacaktır.

Yapılan düzenlemelere göre Gelir Vergisi stopajına ilişkin teşvikten yararlanacak olan destek personelinin tam zaman eşdeğeri sayısı, toplam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının yüzde onunu geçemeyecektir. Destek personelinin tam zaman eşdeğeri sayısı, toplam tam zamanlı Ar-Ge personeli sayısının yüzde onunu geçmesi halinde düşük ücretlerden başlanılarak hangi personelin faydalanacağı ayrıca belirlenecektir. Bu bağlamda yararlanacaklar kapsamında olanların ücretleri eşit ise işverence belirleme yapılacaktır. Hesaplamalarda kesirler tama tamamlanacaktır.

Örneğin bir anonim şirkette Ar-Ge merkezinde 60 tam zaman eşdeğer Ar-Ge personeli ve 5 tam zaman eşdeğer personeli çalışmakta olup, Ar-Ge faaliyeti kapsamındaki çalışmasına ilişkin olarak 2500 YTL brüt ücret ödenmektedir.

Bu işte Bay A'ya ait istisna uygulaması aşağıdaki şekilde olacaktır:

* Vergiye tabi ücret (matrah)

(2500-2500x0.14-2500x0.01=) 2125 YTL

Brüt ücretten matraha ulaşmak için yapılan kesintiler:

- 2500x0.14=SGK için kesilen prim=350 YTL

- 2500x0.01=İşsizlik Sigortası primi=25 YTL

* İstisna edilen vergi matrahı tutarı=(2125x0.90=) 1.912,50 YTL

* İstisna dışı ücret matrahı=(2125-1912,50 =)212.50 YTL

* Hesaplanan Gelir Vergisi (212.50x0.15 =)31.87 YTL

Bu kişi için ayrıca asgari geçim indirimi uygulanacak olup, eğer söz konusu kişi bekâr ise kendisinin yararlanacağı asgari geçim indirimi miktarı 45.63 YTL olduğundan kendisinden herhangi bir vergi alınmayacaktır.

Bir başka anlatımla Bay A'nın ücret gelirinden 1.912,50 x0.15=286.87 YTL tutarında vergi istisnaya tabi olacak, istisna dışında kalan ücret matrahından hesaplanan 31.87 YTL tutarındaki Gelir Vergisi ise asgari geçim indirimi uygulaması nedeniyle vergi dairesine ödenmeyecektir.