Ayrıca geçiş dönemine ilişkin olarak da anılan Kanunun 24.04.2003 tarihi itibariyle yürürlük kesbetmiş olan Geçici 1. maddesinin 2. fıkrası ile 2003 yılı vergilendirme dönemlerine ilişkin olarak 01.01.2004 tarihinden sonra verilmesi gereken yıllık gelir ve kurumlar vergisi beyannameleri üzerinden hesaplanan gelir ve kurumlar vergisi tutarlarından fon payı hesaplanmayacağı, bu kazanç ve iratlara ilişkin olarak vergilendirme dönemi içerisinde ödenen fon paylarının da mahsup ve iadeye konu edilemeyeceği hükme bağlanmıştır.

Belirtilen kanun değişikliğini izleyen dönemde, gelir üzerinden alınan vergi benzeri bir mali yükümlülük olduğu tartışmasız bulunan fon paylarına ilişkin olarak 2003 takvim yılı içerisinde stopaj yolu ile ödenen fon paylarının mahsup ve iadeye konu edilemeyeceğine dair hükmün vergilendirmenin Anayasal ilkelerine aykırılık teşkil ettiği; aynı gelir üzerinden vergilendirilen mükellefler arasında eşitsizlik yarattığı hususunda yoğun tartışmalar yaşanmıştır.

Bu tartışmaların sonucunda, bazı mükelleflerce 2003 takvim yılı içerisinde stopaj yolu ile ödenen ancak yıllık gelir ve kurumlar vergisi beyannameleri üzerinden hesaplanan gelir ve kurumlar vergisi tutarlarından mahsup edilmeyen fon paylarının mahsup ve iadeye konu edilmesi gerektiği iddiasıyla yargı yoluna başvurulmuştur. Bu başvurularda mükellefler, yapılan düzenleme ile fon paylarının nihai bir vergilendirmeye dönüştürüldüğünü, bu haliyle 2003 yılı içerisinde stopaj yolu ile fon payı ödeyen mükellefler ile diğer mükellefler arasında vergi yükü itibariyle eşitsizlik yaratıldığını iddia etmiş ve bu durumun Anayasa’ya aykırılık teşkil ettiğini belirtmiştir.

Bazı mükellefler ise, kanunun açık hükmü ve konu hakkındaki vergi idaresinin sert yorumu dikkate alınmak suretiyle, 2003 takvim yılı içerisinde stopaj yolu ile ödemiş oldukları fon payları hususunda herhangi bir talepte bulunmamışlardır.

Konu hakkında mükelleflerce açılan birçok davada gerek ilk derece vergi mahkemelerince gerekse de Danıştay dairelerince mükellefler aleyhine kararlar verilmiş; mükelleflerin talepleri reddedilmiştir. Sadece Diyarbakır Vergi Mahkemesi, bir mükellefçe açılan davada “Anayasa’ya aykırılık” savını ciddi bulmuş ve konuyu Anayasa Mahkemesi’ne taşımıştır.

Diyarbakır Vergi Mahkemesi’nin bu başvurusunu değerlendiren Anayasa Mahkemesi, 20.03.2008 tarih ve E:2004/94 K:2008/83 sayılı kararı ile “9.4.2003 günlü 4842 sayılı Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılması Hakkında Kanun’un geçici 1. maddesinin ikinci fıkrasının “ … bu kazanç ve iratlara ilişkin olarak vergilendirme dönemi içinde ödenen fon payları mahsup ve iadeye konu olmaz” bölümünün Anayasa’ya aykırı olduğuna ve iptaline” hükmetmiştir. Anayasa Mahkemesi’nin bu kararı 1.7.2008 tarih ve 26923 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanmıştır.

Böylece, 2003 takvim yılı içerisinde stopaj yolu ile ödenmiş ancak yıllık gelir ve kurumlar vergisi beyannameleri kapsamında mahsup ve iadeye konu edilememiş olan fon payları nedeniyle mükelleflerin katlanmış olduğu vergi yükünün hukuka uygun olmadığı, Anayasa Mahkemesi kararı ile tespit edilmiştir.

Anayasa Mahkemesi kararının gerekçesi özet olarak şu şekildedir:

“2003 yılında tevkifat yoluyla fon payı ödeyen mükelleflerin bu yıla ilişkin kazanç ve iratlarının vergilendirilmesinde, vergi matrahının içinde, üzerinden 2003 yılında fon payının hesaplandığı kazanç ve iratlar da bulunduğundan, mahsup ve iade edilmeyeceği öngörülen fon payları bu mükellefler yönünden nihai vergiye dönüşmüştür. Bu şekilde 2003 yılında tevkif suretiyle fon payı ödeyen mükellefler aleyhine vergi yükü ağırlaştırılarak aynı vergilendirme dönemlerinde tevkifata tabi gelir elde etmiş mükellefler ile tevkifata tabi gelir elde etmemiş mükellefler arasında vergi yükünün dağılımında adalet ve denge bozulmuş ve Anayasa’nın 73. maddesinde yer alan “herkesin mali gücüne göre vergi ödemesi” ile “vergi yükünün adaletli ve dengeli dağılımı” ilkelerine aykırılık oluşmuştur.

Öte yandan, hukuk devletinin hukuk güvenliği ilkesi vergilendirmede belirliliği de gerektirir. Belirlilik ilkesi, yükümlülüğün hem kişiler hem de idare yönünden belli ve kesin olmasını, yasa kuralının, ilgili kişilerin mevcut şartlar altında belirli bir işleminin ne tür sonuçlar doğurabileceğini makul bir düzeyde öngörmelerini mümkün kılacak şekilde düzenlenmesini gerektirir. Vergilendirme mükellefler yönünden güvensiz bir sisteme dönüşmemelidir. 4842 sayılı Yasa’nın geçici 1. maddesi 24.4.2003 tarihinde yürürlüğe girmiştir. 2003 yılı içinde vergi tevkifatına tabi gelirleri olan mükellefler fon paylarının nihai vergi niteliğine dönüştüğünü 24.4.2003 tarihine kadar bilmemektedirler. Bu anlamda mükelleflerin hukuksal güvenliği kural geriye yürütülmek suretiyle zedelendiğinden hukuk devleti ilkesi ihlal edilmiştir.”

Gelinen noktada, Anayasa Mahkemesi’nin tespit etmiş olduğu hukuka aykırılık sebebiyle haksız bir uygulama sonucu fazla vergi ödemek zorunda kalmış olan mükelleflerin, bu haksızlığın ortadan kaldırılabilmesi ve fazla ödedikleri vergi tutarlarının (2003 takvim yılı içerisinde stopaj suretiyle ödemiş oldukları fon paylarının) kendilerine iadesi için, aşağıdaki hukuki yollara başvurmaları mümkündür.

Daha önce fon payının iadesine ilişkin olarak dava açmış ve davası reddedilerek kesinleşmiş mükellefler, belirtilen Anayasa Mahkemesi kararına istinaden davalarına bakan ilk derece vergi mahkemesinden “Yargılamanın Yenilenmesi”ni talep edebileceklerdir. Her ne kadar, 2577 sayılı İdari Yargılama Usulü Kanunu’nun 53. maddesi arasında sayılan yargılamanın yenilenmesi nedenleri arasında “dava konusu işlemde uygulanan kanun hükmünün Anayasa Mahkemesince iptal edilmesi” hususu yer almasa da; Anayasa Mahkemesi’nin iptal kararını yargılamanın yenilenmesi için bir neden olarak kabul etmek gerekmektedir. Zira, olağanüstü bir kanun yolu olarak öngörülen “yargılamanın yenilenmesi” müessesesi, yargılama suretiyle adaletin tecellisini her hal ve şartta mümkün kılmak amacına hizmet etmektedir. Bu nedenledir ki, kesin hüküm halini alan bir yargı kararının yargılamanın yenilenmesi suretiyle kaldırılması kabul edilmiştir. Böylece toplum vicdanını rahatsız eden adaletsizlik ortadan kaldırılmaktadır.