Bilindiği üzere, 28/2/2008 tarihli ve 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun 3. maddesinin 4. fıkrasında “Bu Kanun kapsamındaki her türlü Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlardan damga vergisi alınmaz.” hükümleri yer almaktaydı.

5746 sayılı Kanun kapsamındaki destek ve teşviklere yönelik uygulama ve denetim usul ve esasları ise, 31/7/2008 tarihli ve 26953 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliği ile belirlenmişti.

Maliye Bakanlığı, 5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunda belirtilen damga vergisi istisnasının uygulamasına ilişkin usul ve esasları 7 Temmuz 2009 tarihli Resmi Gazetede yayımlanan 3 Seri No.lu  5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun Genel Tebliği ile belirledi.

Söz konusu Tebliğ ile, damga vergisi istisnasının usul ve esasları, uygulamanın başlangıcı ve sona ereceği tarihler belirlenirken, işlem yapan kurum ve kuruluşların sorumluluklarına da yer verilmiştir.

Damga Vergisi İstisnası Uygulama Esasları

5746 sayılı Kanunun 3 üncü maddesinin (4) numaralı fıkrasına göre, bu Kanun ve ilgili yönetmelikte kapsam ve sınırları belirtilen Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlar damga vergisinden istisna olacaktır. Kanun ve yönetmelik kapsamındaki Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinde istihdam edilen personele münhasıran bu görevleri ile ilgili olarak yapılan ücret ödemeleri nedeniyle düzenlenen kağıtlar da istisna kapsamındadır.

Diğer taraftan, noter, resmi daireler, diğer kamu kurum ve kuruluşları gibi kurum ve kuruluşlarca, 5746 sayılı Kanun kapsamında Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlara damga vergisi istisnası uygulanabilmesi için,

-Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında yapılacak işlemleri belirten ve desteği veren kamu kurum ve kuruluşu,

- Ar-Ge merkezleri ile rekabet öncesi işbirliği projeleri için başvuru yapılan kamu kurumu,

-Teknoloji merkezi işletmeleri için Teknoloji Geliştirme Merkezi (TEKMER) Müdürlüğü,

-Uluslararası fonlarca desteklenen ya da Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu (TÜBİTAK) tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleri için TÜBİTAK, tarafından onaylı listenin, mükellef tarafından işlem esnasında bu işlemi yapacak kurum ve kuruluşlara ibraz edilmesi yeterli olup söz konusu kurum ve kuruluşlarca başkaca bir belge aranmayacaktır. Ancak, işleme konu edilecek kağıtların Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında olduğunun onaylı listeden anlaşılması gerekmektedir. Onaylı listenin işlem esnasında ibraz edilmemesi halinde, işlem yapanlarca istisna uygulanması mümkün olmayacaktır.

İstisna Uygulamasının Başlangıcı

5746 sayılı Kanun ve Kanunun uygulama usul ve esaslarını düzenleyen ilgili yönetmelik çerçevesinde;

-Ar-Ge merkezlerinde, Ar-Ge merkezi belgesinin düzenlendiği,   

-Rekabet öncesi işbirliği projelerinde, proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği,

-Teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge ve yenilik projesinin onaylandığı, 

-Kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından desteklenen veya TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, bu projelere yönelik destek karar yazısının düzenlendiği veya proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği,

-Uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projeleri için TÜBİTAK’ın onay yazısının düzenlendiği,

-Teknogirişim sermaye desteklerinde, kamu idaresi tarafından iş planının onaylandığı, tarihten itibaren Ar-Ge ve yenilik faaliyetleri ile ilgili olarak düzenlenen kağıtlara damga vergisi istisnası uygulanabilecektir. Ancak, söz konusu kağıtların, noter, resmi daire, diğer kamu kurum ve kuruluşları gibi kurum ve kuruluşlar nezdinde işlem görmesi durumunda, bu

kurum ve kuruluşlarca damga vergisi istisnası uygulanabilmesi için onaylı listenin ibrazı gerekmektedir.

İstisna Uygulamasının Sona Erdiği Haller

Tebliğde yapılan açıklamalara göre;

-Ar-Ge merkezi hüviyetini haiz işletmeler bakımından, Ar-Ge merkezi olma şartlarının kaybedilmesi, şartların ihlal edilmesi veya destek ve teşviklerin amacı dışında kullanılması halinde, şartların kaybedildiği, ihlalin gerçekleştiği veya destek ve teşviklerin amacı dışında kullanıldığı tarihten,

-Rekabet öncesi işbirliği projesinde, projenin herhangi bir nedenle sona ermesi halinde bu tarihten, proje sözleşmesinin iptal edilmesi halinde ise denetimin başlama tarihinden,

-KOSGEB teknoloji merkezi işletmelerinde yürütülen projelerin herhangi bir nedenle sona ermesi veya projeye verilen desteğin son bulması hallerinde, Ar-Ge ve yenilik faaliyeti de son bulacağından bu tarihten,

-Ar-Ge ve yenilik projelerinde, projenin herhangi bir nedenle sona ermesi veya projeye verilen desteğin son bulması hallerinde, Ar-Ge ve yenilik faaliyeti bitmiş sayılacağından bu tarihten,

-Teknogirişim sermaye desteklerinde, onaylanan iş planına kamu idaresi tarafından verilen desteğin son bulduğu tarihten, itibaren damga vergisi istisnasından yararlanılamayacaktır.

İşlem Yapan Kurum ve Kuruluşların Sorumluluğu

Damga vergisi istisnası uygulayarak işlem yapan noter, resmi daireler, diğer kamu kurum ve kuruluşları gibi kurum ve kuruluşların; Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ilişkin olarak düzenlenen kağıtlarla ilgili olup istisna uygulanması sebebiyle ilgililerine ödettirilmeyen veya ödeme sırasında tevkif edilmeyen damga vergilerine ilişkin olarak vergiye tabi kağıdın düzenlendiği tarihi takip eden 1 ay içinde “Ar-Ge ve Yenilik Faaliyetleri ile İlgili Olarak Damga Vergisi İstisnasından Yararlananlara Ait Bildirim” formunu doldurmaları ve ilgililerin gelir veya kurumlar vergisi bakımından bağlı bulundukları vergi dairesine vermeleri gerekmektedir. Söz konusu form, 3 Seri No.lu  5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun Genel Tebliği ekinde yer almaktadır.  Damga vergisi istisnası uygulanan kağıtların, düzenlenme tarihinden itibaren 1 aylık sürenin geçirilmemesi kaydıyla, aynı bildirim ile toplu olarak bildirilmesi de mümkündür.

5746 sayılı Kanun uyarınca gelir vergisi stopajı teşviki kapsamında yer alan Ar-Ge ve destek personeline yapılan ücret ödemeleri için gelir vergisi stopajı teşvikine ilişkin bildirim verilmesi halinde ise, damga vergisi istisnası da uygulanan bu ücret ödemeleri nedeniyle düzenlenen kağıtlar için ayrıca bildirim verme yükümlülüğü bulunmamaktadır. Ancak, gelir vergisi stopajı teşvikine ilişkin bildirime dahil edilmeyen personele ödenen ücretlere dair kağıtlara damga vergisi istisnası uygulanması durumunda, bu kağıtlar için muhtasar beyannamenin verildiği vergi dairesine ayrıca bildirim verilmesi gerekmektedir.

Diğer taraftan, 5746 sayılı Kanunun yürürlüğe girdiği tarih ile Tebliğin yayımlandığı 7 Temmuz 2009 tarihi arasında, anılan Kanun ve yönetmelik hükümleri çerçevesinde damga vergisi istisnası uygulayarak işlem yapan kurum ve kuruluşlar tarafından, Ar-Ge ve yenilik faaliyeti kapsamında düzenlenen kağıtlara ilişkin bildirimin, Tebliğin yayımlandığı tarihi takip eden 3 ay içinde yani 7 Ekim 2009 tarihine kadar verilmesi gerekmektedir.

Destek ve teşvik unsurlarının amacı dışında kullanılması, şartların ihlali veya projelere yönelik değerlendirme raporlarının olumsuz olmasının tespit edilmesi halinde, Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerine ilişkin zamanında tahakkuk ettirilmemiş damga vergisi yönünden vergi ziyaı doğmuş sayılacak ve ziyaa uğratılmış vergiler gecikme faizi ve vergi ziyaı cezasıyla birlikte tahsil edilecektir.E&Y